#!/bin/sh
#SBATCH -J relion-gpu
#SBATCH -A MODIS-SL3-GPU
#SBATCH -p pascal
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 8
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --time=2:00:0
#SBATCH --mail-type=FAIL
#SBATCH --exclusive

. /etc/profile.d/modules.sh
module purge
module load intel/bundles/complib/2017.4
module load openmpi-2.1.1-gcc-5.4.0-3yg6mbs
module load cuda/8.0
module load motioncore/2.1.0
module load ctffind/4.1.5
module load java/jdk1.8.0_45
module load gctf/1.0.6
module load resmap/1.1.4
module load relion-gpu/2.1


export OMP_NUM_THREADS=1
mpirun `which relion_autopick_mpi` --i ./JoinStar/job034/join_mics.star --ref ./Select/job037/class_averages.star --odir AutoPick/job039/ --pickname autopick --invert  --ctf  --ang 3 --shrink 1 --lowpass 20 --particle_diameter 222 --threshold 0.55 --min_distance 44 --max_stddev_noise -1 --helix --helical_tube_outer_diameter 120 --helical_tube_kappa_max 0.3 --helical_tube_length_min -1 --gpu "0:0:1:1:2:2:3:3" 
echo ./JoinStar/job034/join_mics.star > AutoPick/job039/coords_suffix_autopick.star