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--jobtype=protomo Start time: 2016yr12m23d-15hr04m04s Description: Preparing raw images and initial tilt file Images [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7] were removed from the tilt file because their shifts exceed 30.0% of the (x) and/or (y) dimensions. Images [8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20] exceeded the allowed shift, but were at tilt angles less than the 40.0 degree angle limit. Starting Protomo alignment Creating initial tilt-series video in the background... Coarse Alignment failed. Retry #1 with Window Size: (216, 216) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #2 with Window Size: (210, 210) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #3 with Window Size: (200, 200) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #4 with Window Size: (196, 196) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #5 with Window Size: (192, 192) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #6 with Window Size: (180, 180) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #7 with Window Size: (168, 168) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #8 with Window Size: (162, 162) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #9 with Window Size: (160, 160) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #10 with Window Size: (150, 150) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #11 with Window Size: (144, 144) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #12 with Window Size: (140, 140) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #13 with Window Size: (128, 128) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #14 with Window Size: (126, 126) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #15 with Window Size: (120, 120) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #16 with Window Size: (112, 112) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #17 with Window Size: (108, 108) (at sampling 8)... Coarse Alignment failed. Retry #18 with Window Size: (100, 100) (at sampling 8)... Creating Depiction Videos in Parallel... Creating Coarse Alignment tilt-series video... Generating Coarse Alignment reconstruction... Images [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7] were removed from the tilt file because their shifts exceed 30.0% of the (x) and/or (y) dimensions. Coarse Alignment finished after retrying 18 time(s) due to the sampled search area being too small. Window Size (x) was windowed down to 800 Window Size (y) was windowed down to 800 Put these values into the corresponding parameter boxes on the Protomo Refinement Appion webpage. Finished Coarse Alignment for Tilt-Series #7! Did everything blow up and now you're yelling at your computer screen? If so, kindly email Alex at anoble@nysbc.org and include this log file .If everything worked beautifully and you publish it, please use the appropriate citations listed on the Appion webpage! End time: 2016yr12m23d-15hr14m06s