[Thu Dec 29 17:06:55 2016] finished run of protomo2aligner [ anoble@node05: Thu Dec 29 17:15:57 2016 ] /home/anoble/myami/appion/bin/protomo2aligner.py \ --parallel=True --starting_tlt_file=Coarse --negative=-22 --positive=22 \ --r1_region_x=1855 --r2_region_x=1855 --r3_region_x=1855 --r4_region_x=1855 \ --r5_region_x=1855 --r1_region_y=1919 --r2_region_y=1919 --r3_region_y=1919 \ --r4_region_y=1919 --r5_region_y=1919 --r1_sampling=8 --r2_sampling=4 \ --r3_sampling=2 --r4_sampling=1 --r5_sampling=1 --map_sampling=8 \ --thickness=500 --r1_mask_width_x=206 --r2_mask_width_x=438 \ --r3_mask_width_x=902 --r4_mask_width_x=1830 --r5_mask_width_x=1830 \ --r1_mask_width_y=214 --r2_mask_width_y=454 --r3_mask_width_y=934 \ --r4_mask_width_y=1894 --r5_mask_width_y=1894 --r1_lowpass_diameter_x=50 \ --r2_lowpass_diameter_x=25 --r3_lowpass_diameter_x=12.5 --r4_lowpass_diameter_x=6.25 \ --r5_lowpass_diameter_x=3.125 --r1_lowpass_diameter_y=50 --r2_lowpass_diameter_y=25 \ --r3_lowpass_diameter_y=12.5 --r4_lowpass_diameter_y=6.25 --r5_lowpass_diameter_y=3.125 \ --r1_highpass_diameter_x=3270 --r2_highpass_diameter_x=3270 \ --r3_highpass_diameter_x=3270 --r4_highpass_diameter_x=3270 \ --r5_highpass_diameter_x=3270 --r1_highpass_diameter_y=3270 \ --r2_highpass_diameter_y=3270 --r3_highpass_diameter_y=3270 \ --r4_highpass_diameter_y=3270 --r5_highpass_diameter_y=3270 \ --r1_mask_apod_x=10 --r2_mask_apod_x=10 --r3_mask_apod_x=10 \ --r4_mask_apod_x=10 --r5_mask_apod_x=10 --r1_mask_apod_y=10 \ --r2_mask_apod_y=10 --r3_mask_apod_y=10 --r4_mask_apod_y=10 \ --r5_mask_apod_y=10 --r1_lowpass_apod_x=125 --r2_lowpass_apod_x=63 \ --r3_lowpass_apod_x=31 --r4_lowpass_apod_x=16 --r5_lowpass_apod_x=8 \ --r1_lowpass_apod_y=125 --r2_lowpass_apod_y=63 --r3_lowpass_apod_y=31 \ --r4_lowpass_apod_y=16 --r5_lowpass_apod_y=8 --r1_highpass_apod_x=1635 \ --r2_highpass_apod_x=1635 --r3_highpass_apod_x=1635 --r4_highpass_apod_x=1635 \ --r5_highpass_apod_x=1635 --r1_highpass_apod_y=1635 --r2_highpass_apod_y=1635 \ --r3_highpass_apod_y=1635 --r4_highpass_apod_y=1635 --r5_highpass_apod_y=1635 \ --r1_corr_mode=mcf --r2_corr_mode=mcf --r3_corr_mode=mcf --r4_corr_mode=mcf \ --r5_corr_mode=pcf --r1_iters=10 --r2_iters=10 --r3_iters=5 \ --r4_iters=10 --r5_iters=0 --preprocessing=true --border=100 \ --clip_low=3.5 --clip_high=3.5 --gradient=true --iter_gradient=false \ --filter=median --r1_kernel_x=5 --r2_kernel_x=5 --r3_kernel_x=5 \ --r4_kernel_x=5 --r5_kernel_x=5 --r1_kernel_y=5 --r2_kernel_y=5 \ --r3_kernel_y=5 --r4_kernel_y=5 --r5_kernel_y=5 --grow=0 --window_area=0.95 \ --do_estimation=false --norotations=false --correlation_size_x=160 \ --correlation_size_y=160 --r1_peak_search_radius_x=300 --r2_peak_search_radius_x=300 \ --r3_peak_search_radius_x=300 --r4_peak_search_radius_x=300 \ --r5_peak_search_radius_x=300 --r1_peak_search_radius_y=300 \ --r2_peak_search_radius_y=300 --r3_peak_search_radius_y=300 \ --r4_peak_search_radius_y=300 --r5_peak_search_radius_y=300 \ --orientation=true --azimuth=false --azimuth_switch=22 --elevation=false \ --rotation=true --scale=false --scale_switch=31 --logging=true \ --loglevel=2 --create_tilt_video=true --create_reconstruction=true \ --show_window_size=true --keep_recons=false --slab=true --map_size_x=463 \ --map_size_y=479 --tilt_clip=true --video_type=html5vid --runname=tiltseries0005 \ --rundir=/gpfs/appion/anoble/16dec29d/protomo_alignments/tiltseries0005 \ --tiltseries=5 --sessionname=16dec29d --pixelsize=1.76302 --dimx=3710 \ --dimy=3838 --image_file_type=mrc --coarse=False --projectid=304 \ --expid=3178 --jobtype=protomo [Thu Dec 29 21:12:24 2016] finished run of protomo2aligner