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Parameters in Protomo units: (Note: At binned by 8, pixelsize is 8.7688 Angstroms, Nyquist is 17.5376 Angstroms) window.lowpass.apodization = { 0.1403008 0.1403008 } map.sampling = 8 window.highpass.diameter = { 0.00862646335465 0.00862646335465 } window.highpass.apodization = { 0.0172444444444 0.0172444444444 } window.mask.apodization = { 10 10 } align.mask.width = { 214 206 } sampling = 8 align.mask.apodization = { 10 10 } map.body = 72.3559098495 map.lowpass.diameter = { 0.350752 0.350752 } align.peaksearch.radius = { 300.0 300.0 } window.size = { 239 231 } preprocess.mask.kernel = { 5 5 } window.mask.width = { 214 206 } reference.body = 72.3559098495 window.lowpass.diameter = { 0.350752 0.350752 } align.correlation.mode = mcf No parameters were switched for Iteration #1 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.09877 for Iteration #1 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.622 for Iteration #1 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #1 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.06182 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #1 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #1... Generating Refinement reconstruction for iteration #1... No Round parameters changed for Iteration #2 Beginning Refinement Iteration #2, Round #1 No parameters were switched for Iteration #2 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.06137 for Iteration #2 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.40328 for Iteration #2 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #2 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.03875 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #2 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #2... Generating Refinement reconstruction for iteration #2... No Round parameters changed for Iteration #3 Beginning Refinement Iteration #3, Round #1 No parameters were switched for Iteration #3 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.02063 for Iteration #3 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.34131 for Iteration #3 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #3 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01714 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #3 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #3... Generating Refinement reconstruction for iteration #3... No Round parameters changed for Iteration #4 Beginning Refinement Iteration #4, Round #1 No parameters were switched for Iteration #4 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.02184 for Iteration #4 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.29012 for Iteration #4 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #4 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01672 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #4 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #4... Generating Refinement reconstruction for iteration #4... No Round parameters changed for Iteration #5 Beginning Refinement Iteration #5, Round #1 No parameters were switched for Iteration #5 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.02147 for Iteration #5 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.43772 for Iteration #5 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #5 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01949 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #5 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #5... Generating Refinement reconstruction for iteration #5... No Round parameters changed for Iteration #6 Beginning Refinement Iteration #6, Round #1 No parameters were switched for Iteration #6 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01992 for Iteration #6 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.29153 for Iteration #6 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #6 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01579 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #6 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #6... Generating Refinement reconstruction for iteration #6... No Round parameters changed for Iteration #7 Beginning Refinement Iteration #7, Round #1 No parameters were switched for Iteration #7 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01605 for Iteration #7 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.37228 for Iteration #7 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #7 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01547 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #7 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #7... Generating Refinement reconstruction for iteration #7... No Round parameters changed for Iteration #8 Beginning Refinement Iteration #8, Round #1 No parameters were switched for Iteration #8 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01861 for Iteration #8 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.3624 for Iteration #8 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #8 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01655 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #8 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #8... Generating Refinement reconstruction for iteration #8... No Round parameters changed for Iteration #9 Beginning Refinement Iteration #9, Round #1 No parameters were switched for Iteration #9 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01828 for Iteration #9 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.42702 for Iteration #9 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #9 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01768 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #9 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #9... Generating Refinement reconstruction for iteration #9... No Round parameters changed for Iteration #10 Beginning Refinement Iteration #10, Round #1 No parameters were switched for Iteration #10 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01729 for Iteration #10 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.32506 for Iteration #10 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #10 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01515 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #10 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #10... Generating Refinement reconstruction for iteration #10... Beginning Refinement Iteration #11, Round #2 lowpass = 25.0 angstroms Round #2. Parameters in Protomo units: (Note: At binned by 4, pixelsize is 4.3844 Angstroms, Nyquist is 8.7688 Angstroms) window.lowpass.apodization = { 0.139187301587 0.139187301587 } map.sampling = 4 window.highpass.diameter = { 0.00431323167732 0.00431323167732 } window.highpass.apodization = { 0.00862222222222 0.00862222222222 } window.mask.apodization = { 10 10 } align.mask.width = { 454 438 } sampling = 4 align.mask.apodization = { 10 10 } map.body = 144.711819699 map.lowpass.diameter = { 0.350752 0.350752 } align.peaksearch.radius = { 300.0 300.0 } window.size = { 479 463 } preprocess.mask.kernel = { 5 5 } window.mask.width = { 454 438 } reference.body = 144.711819699 window.lowpass.diameter = { 0.350752 0.350752 } align.correlation.mode = mcf No parameters were switched for Iteration #11 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01352 for Iteration #11 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.14692 for Iteration #11 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #11 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.0097 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #11 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #11... Generating Refinement reconstruction for iteration #11... No Round parameters changed for Iteration #12 Beginning Refinement Iteration #12, Round #2 No parameters were switched for Iteration #12 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01421 for Iteration #12 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.2137 for Iteration #12 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #12 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01138 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #12 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #12... Generating Refinement reconstruction for iteration #12... No Round parameters changed for Iteration #13 Beginning Refinement Iteration #13, Round #2 No parameters were switched for Iteration #13 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01062 for Iteration #13 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.13076 for Iteration #13 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #13 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.00792 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #13 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #13... Generating Refinement reconstruction for iteration #13... No Round parameters changed for Iteration #14 Beginning Refinement Iteration #14, Round #2 No parameters were switched for Iteration #14 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01047 for Iteration #14 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.24545 for Iteration #14 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #14 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01014 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #14 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #14... Generating Refinement reconstruction for iteration #14... No Round parameters changed for Iteration #15 Beginning Refinement Iteration #15, Round #2 No parameters were switched for Iteration #15 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01194 for Iteration #15 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.23233 for Iteration #15 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #15 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01062 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #15 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #15... Generating Refinement reconstruction for iteration #15... No Round parameters changed for Iteration #16 Beginning Refinement Iteration #16, Round #2 No parameters were switched for Iteration #16 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.00943 for Iteration #16 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.16125 for Iteration #16 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #16 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.00794 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #16 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #16... Generating Refinement reconstruction for iteration #16... No Round parameters changed for Iteration #17 Beginning Refinement Iteration #17, Round #2 No parameters were switched for Iteration #17 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.00986 for Iteration #17 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.2524 for Iteration #17 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #17 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.00998 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #17 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #17... Generating Refinement reconstruction for iteration #17... No Round parameters changed for Iteration #18 Beginning Refinement Iteration #18, Round #2 No parameters were switched for Iteration #18 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.00933 for Iteration #18 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.15874 for Iteration #18 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #18 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.00784 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #18 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #18... Generating Refinement reconstruction for iteration #18... No Round parameters changed for Iteration #19 Beginning Refinement Iteration #19, Round #2 No parameters were switched for Iteration #19 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01107 for Iteration #19 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.24904 for Iteration #19 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #19 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01051 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #19 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #19... Generating Refinement reconstruction for iteration #19... No Round parameters changed for Iteration #20 Beginning Refinement Iteration #20, Round #2 No parameters were switched for Iteration #20 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01253 for Iteration #20 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.15474 for Iteration #20 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #20 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.00936 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #20 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #20... Generating Refinement reconstruction for iteration #20... Beginning Refinement Iteration #21, Round #3 lowpass = 12.5 angstroms Round #3. Parameters in Protomo units: (Note: At binned by 2, pixelsize is 2.1922 Angstroms, Nyquist is 4.3844 Angstroms) window.lowpass.apodization = { 0.141432258065 0.141432258065 } map.sampling = 2 window.highpass.diameter = { 0.00215661583866 0.00215661583866 } window.highpass.apodization = { 0.00431111111111 0.00431111111111 } window.mask.apodization = { 10 10 } align.mask.width = { 934 902 } sampling = 2 align.mask.apodization = { 10 10 } map.body = 289.423639398 map.lowpass.diameter = { 0.350752 0.350752 } align.peaksearch.radius = { 300.0 300.0 } window.size = { 959 927 } preprocess.mask.kernel = { 5 5 } window.mask.width = { 934 902 } reference.body = 289.423639398 window.lowpass.diameter = { 0.350752 0.350752 } align.correlation.mode = mcf No parameters were switched for Iteration #21 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01673 for Iteration #21 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.13721 for Iteration #21 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #21 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01111 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #21 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #21... Generating Refinement reconstruction for iteration #21... No Round parameters changed for Iteration #22 Beginning Refinement Iteration #22, Round #3 No parameters were switched for Iteration #22 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01539 for Iteration #22 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.16577 for Iteration #22 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #22 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01101 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #22 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #22... Generating Refinement reconstruction for iteration #22... No Round parameters changed for Iteration #23 Beginning Refinement Iteration #23, Round #3 No parameters were switched for Iteration #23 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01648 for Iteration #23 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.16148 for Iteration #23 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #23 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01147 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #23 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #23... Generating Refinement reconstruction for iteration #23... No Round parameters changed for Iteration #24 Beginning Refinement Iteration #24, Round #3 No parameters were switched for Iteration #24 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01486 for Iteration #24 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.16034 for Iteration #24 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #24 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01064 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #24 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #24... Generating Refinement reconstruction for iteration #24... No Round parameters changed for Iteration #25 Beginning Refinement Iteration #25, Round #3 No parameters were switched for Iteration #25 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01431 for Iteration #25 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.13521 for Iteration #25 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #25 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.00986 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #25 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #25... Generating Refinement reconstruction for iteration #25... Beginning Refinement Iteration #26, Round #4 lowpass = 6.25 angstroms Round #4. Parameters in Protomo units: (Note: At binned by 1, pixelsize is 1.0961 Angstroms, Nyquist is 2.1922 Angstroms) window.lowpass.apodization = { 0.1370125 0.1370125 } map.sampling = 1 window.highpass.diameter = { 0.00107830791933 0.00107830791933 } window.highpass.apodization = { 0.00215555555556 0.00215555555556 } window.mask.apodization = { 10 10 } align.mask.width = { 1894 1830 } sampling = 1 align.mask.apodization = { 10 10 } map.body = 578.847278796 map.lowpass.diameter = { 0.350752 0.350752 } align.peaksearch.radius = { 300.0 300.0 } window.size = { 1919 1855 } preprocess.mask.kernel = { 5 5 } window.mask.width = { 1894 1830 } reference.body = 578.847278796 window.lowpass.diameter = { 0.350752 0.350752 } align.correlation.mode = mcf No parameters were switched for Iteration #26 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.02166 for Iteration #26 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.30715 for Iteration #26 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #26 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01698 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #26 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #26... Generating Refinement reconstruction for iteration #26... No Round parameters changed for Iteration #27 Beginning Refinement Iteration #27, Round #4 No parameters were switched for Iteration #27 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01486 for Iteration #27 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.1856 for Iteration #27 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #27 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01114 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #27 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #27... Generating Refinement reconstruction for iteration #27... No Round parameters changed for Iteration #28 Beginning Refinement Iteration #28, Round #4 No parameters were switched for Iteration #28 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01434 for Iteration #28 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.16622 for Iteration #28 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #28 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01049 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #28 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #28... Generating Refinement reconstruction for iteration #28... No Round parameters changed for Iteration #29 Beginning Refinement Iteration #29, Round #4 No parameters were switched for Iteration #29 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01326 for Iteration #29 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.15736 for Iteration #29 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #29 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.00978 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #29 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #29... Generating Refinement reconstruction for iteration #29... No Round parameters changed for Iteration #30 Beginning Refinement Iteration #30, Round #4 No parameters were switched for Iteration #30 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.0121 for Iteration #30 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.20731 for Iteration #30 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #30 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.0102 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #30 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #30... Generating Refinement reconstruction for iteration #30... No Round parameters changed for Iteration #31 Beginning Refinement Iteration #31, Round #4 fit.scale switched from false to true on Iteration #31Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01562 for Iteration #31 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.14336 for Iteration #31 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.0 for Iteration #31 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01068 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #31 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #31... Generating Refinement reconstruction for iteration #31... No Round parameters changed for Iteration #32 Beginning Refinement Iteration #32, Round #4 No parameters were switched for Iteration #32 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01312 for Iteration #32 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.16472 for Iteration #32 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.00549 for Iteration #32 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.0084 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #32 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #32... Generating Refinement reconstruction for iteration #32... No Round parameters changed for Iteration #33 Beginning Refinement Iteration #33, Round #4 No parameters were switched for Iteration #33 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.00963 for Iteration #33 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.18263 for Iteration #33 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.00475 for Iteration #33 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.00723 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #33 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #33... Generating Refinement reconstruction for iteration #33... No Round parameters changed for Iteration #34 Beginning Refinement Iteration #34, Round #4 No parameters were switched for Iteration #34 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.01794 for Iteration #34 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.16338 for Iteration #34 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.00492 for Iteration #34 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.0098 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #34 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #34... Generating Refinement reconstruction for iteration #34... No Round parameters changed for Iteration #35 Beginning Refinement Iteration #35, Round #4 No parameters were switched for Iteration #35 Creating quality assessment statistics... CCMS(shift) = 0.02005 for Iteration #35 of Tilt-Series #6. CCMS(rotations) = 0.27738 for Iteration #35 of Tilt-Series #6. CCMS(scale) = 0.00707 for Iteration #35 of Tilt-Series #6. The scaled sum of CCMS values is #0.01274 for Tilt-Series #6. Creating Depiction Videos for Iteration #35 in Parallel... Creating Refinement tilt-series video for iteration #35... Generating Refinement reconstruction for iteration #35... Finished Refinement for Tilt-Series #6! Did everything blow up and now you're yelling at your computer screen? If so, kindly email Alex at anoble@nysbc.org and include this log file .If everything worked beautifully and you publish it, please use the appropriate citations listed on the Appion webpage! You can also print out all citations by typing: protomo2aligner.py --citations End time: 2017yr01m28d-02hr58m14s