#!/bin/tcsh
#$ -pe openmpi 100
#$ -l dedicated=1 
#$ -e Micrographs/run_ctffind.err
#$ -o Micrographs/run_ctffind.out
#$ -cwd
#$ -S /bin/tcsh

# Environment
source ~/.cshrc

mpiexec -n 100  `which relion_run_ctffind_mpi` --i "Micrographs/*.mrc" --o "micrographs_ctf.star" --ctfWin -1 --CS 2 --HT 300 --AmpCnst 0.1 --XMAG 104478 --DStep 14 --Box 360 --ResMin 35 --ResMax 5 --dFMin 8000 --dFMax 40000 --FStep 200 --dAst 0 --ctffind3_exe /public/EM/CTFFIND/ctffind3.exe